سال انتشار:

2019

---

ترجمه فارسی عنوان مقاله:

ژنوم های حاصل از ریزجانداران کاشت نشده

---

عنوان انگلیسی مقاله:

Genomes From Uncultivated Microorganisms

---

منبع:

Sciencedirect - Elsevier - Encyclopedia of Microbiology, 2019

---

نویسنده:

Tanja Woyke, Devin FR Doud, and Emiley A Eloe-Fadrosh, DOE Joint Genome Institute, Walnut Creek, CA, United States

---

چکیده انگلیسی:

In 1995, the first complete genome of a free-living microorganism, that of the bacterium Haemophilus influenzae, was sequenced by J. C. Venter and colleagues. This achievement proved the utility of shotgun genome sequencing and the discipline of microbial genomics was born. The years that followed were marked by sequencing genomes of bacterial and archaeal cultured isolates, and nearly 25 years later, well over 90,000 bacterial and nearly 900 archaeal isolate genome sequences are available in the public domain (Fig. 1). Due to our inability to cultivate the majority of microorganisms, cultivation-independent approaches to microbial genome discovery and identification, namely metagenomic sequencing, came to light in 2004 (Tyson et al., 2004; Venter et al., 2004) and have since been incredibly popular. Initially, cultivation-independent approaches were necessarily restricted to gene-centric analyses unless the microbial diversity of the sampled environment was very low; however, in recent years, genomeresolved metagenomics has become feasible through advances in sequencing technologies, metagenome assembly, and, importantly, computational binning algorithms (Wrighton et al., 2012; Albertsen et al., 2013). Genome-resolved metagenomics provides clear links between phylogeny and function, and offers population-level information on genome variability.
Complementary to genome-resolved metagenomics is microbial single-cell genomics, the sequencing of the genome from an individual cell directly isolated from the environment (for a review, see (Woyke et al., 2017)). Single-cell genomics emerged in 2005 when A. Raghunathan and colleagues demonstrated that sequence data from a single Escherichia coli cell could be obtained. Two years later the first genomes were recovered from the candidate phylum Saccharibacteria (formerly TM7) using single-cell sequencing. Since then, single-cell genomics methods have been widely adopted to complement metagenomics. To date, more than 5,000 bacterial and archaeal single amplified genomes (SAGs) and nearly 13,000 metagenome-assembled genomes (MAGs) from bacteria and archaea are in the public domain (Fig. 1). These genomes provide a rich resource for the phylogenetic and functional interrogation of the uncultivated majority within the tree of life.

---

چکیده فارسی:

تاریخچه مختصر ژنوم شناسی میکروبی
در سال 1995، اولین ژنوم کامل یک ریزجاندار، باکتری هموفیلوس آنفلوآنزا، توسط جی سی ونتر و همکارانش ترتیب بندی شد. این موفقیت، استفاده از ترتیب بندی تفنگی ژنوم را اثبات کرد و رشته ژنوم شناسی میکروبی متولّد شد. سالهای پس از آن به ترتیب بندی ژنوم های واحدهای منفرد باکتریایی و باستانی (آرکیایی) نامگذاری شد و تقریبا" 25 سال بعد، حدود بیش از 90000 ترتیب ژنوم منفرد باکتریایی و تقریبا" 900 ترتیب منفرد ژنوم باستانی در حوزه عمومی دردسترس قرار گرفته اند (شکل 1). به دلیل ناتوانی ما در کاشت اکثریت ریزجانداران، ددگاههای مستقل از کاشت درباره کشف و شناسایی ژنوم میکروبی، یعنی ترتیب بندی متاژنومی، در سال 2004 کشف شد (تایسون و همکاران 2004؛ ونتر و همکاران 2004) و از آن موقع، به صورت بارونکردنی، محبوب و موردتوجه شده است. درابتدا دیدگاههای مستقل از کاشت لزوما" محدود به تحلیل های ژن- محور بودند مگر اینکه تنوع میکروبی محیط نمونه سازی شده در آن، بسیار پایین باشد؛ با این حال، در سالهای اخیر، متاژنوم های تعیین شده با ژنوم ازطریق پیشرفت های ایجاد شده در فناوری های ترتیب بندی، گردهم آوری متاژنوم و از همه مهتر، الگوریتم های محاسباتی (رایتون و همکاران 2012؛ آلبرتسون و همکاران 2013) امکانپذیر شده است. متاژنوم های تعیین شده با ژنوم، روابط روشنی بین تکامل نژادی و کارکرد فراهم می کنند و اطلاعاتی را در سطح جمعیتی درباره تنوع و تغییرپذیری ژنوم ارائه می کنند.
مکمّل متاژنوم تعیین شده با ژنوم، ژنوم شناسی تک سلولی است یعنی ترتیب بندی ژنوم از یک سلول منفردِ مستقیما" جدا شده از محیط (برای مرور بیشتر کار وویکه و همکارانش 2017 را ببینید). ژنوم شناسی تک سلولی در سال 2005 پدید آمد یعنی زمانی که رافاناتان و همکارانش نشان دادند که داده های مربوط به ترتیب که از یک سلول منفرد اسکریتیا کویل می تواند به دست آید. دو سال بعد، اولین ژنوم از باکتری ساخاری داوطلب دودمانه (قبلا" TM7 گفته می شد) با استفاده از ترتیب بندی تک سلولی کشف شد. از آن زمان به بعد، از روشهای ژنوم شناسی تک سلولی به صورت گسترده ای برای مکمّل سازی متاژنوم استفاده شده است. تا به امروز، بیش از 5000 ژنوم باکتریایی و باستانی منفرد تقویت شده (SAG) و تقریبا" 13000 ژنوم گردآوری شده با متاژنوم (MAG) از باکتری و آرکیا در حوزه عمومی قرار گرفته اند (شکل 1). این ژنوم ها منبعی غنی برای یکپارچه سازی تکامل نژادی و کارکردی اکثریت کاشت نشده در شجره نامه، فراهم می کنند.

---

---

---

---

حجم فایل: 628 کیلوبایت

---

قیمت: 31250 تومان    25000 تومان (20 % تخفیف)

---

توضیحات اضافی:

---

---

---